肛瘘手术时，常可见到与其它疾病并存，如肛裂、内痔、外痔、混合痔等。如不给予处理会直接影响周期和疗程；处理得当可减少术后并发症，加快术后伤口的愈合。对于合并的疾病，一般可在术后一并处理。
肛瘘常常伴发的肛肠病：
1、肛裂：肛瘘合并肛裂，一般不须进行特殊治疗。肛瘘见效率后，肛裂自然愈合。但陈旧性肛裂伴有肛乳头肥大或结缔组织外痔时，应予以处理，将肥大乳头结扎切除。结缔组织外痔切除。
2、内痔：在肛瘘内口的上方或两侧合并内痔，常因大便将内痔向下挤压，压迫内口。同时内痔粘膜分泌粘液，影响内口和创面的愈合。应根据痔核的大小治疗。痔核较小者可采用硬化萎缩剂局部注射。使其萎缩。若痔核较大，便时脱出者，宜采用内痔切除缝合术或结扎术。
3、外痔：在肛瘘切口两侧合并有外痔，常可导致皮瓣内翻，影响局部引流和愈合。治疗可将皮下曲张性静脉丛剥除，或采用激光、电灼法将外痔切除，并修剪皮办，使其局部引流通畅。
4、混合痔：在内口及肛管两侧合并混合痔者。可利用肛瘘切口，作混合痔切除缝合术。创面如过大。可用2个0号肠线缝合基底部1～2针。混合痔与肛瘘表面如有正常皮肤。可另做混合痔切口。行外剥内扎术。
肛瘘合并其它疾病时，应在手术前合理安排切部位，以免造成切口之间融合。肛管创口过大、创口不平整等亦会影响伤口愈合。
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